Porque esses dois institutos confundem tanto?

Os dois estão relacionados ao lapso temporal das ações e/ou manifestações processuais.

Prescrição no Direito Civil:

A prescrição no Direito Civil ocorre quando a pessoa deixa de entrar com ação no tempo estabelecido por lei. Exemplo: João tinha o direito de ingressar com uma ação por danos morais, mas não quis entrar. Dez anos depois do ocorrido ele resolveu entrar com a ação, porém seu direito de entrar com a ação estava prescrito, pois a Lei determina um tempo menor para entrar com esse tipo de ação.

Prescrição no Direito Penal:

No direito Penal a Prescrição se caracteriza pela perda do Direito de punir do Estado pelo transcurso do tempo (vide art. 109, CP); e também no caso de ofertar uma queixa crime na delegacia após o transcurso do tempo.

Prescrição no Direito do Trabalho:

Violado o direito do empregado, este terá um tempo determinado em Lei para procurar a Justiça Trabalhista, caso faça depois de decorrido o tempo ele terá seu direito prescrito.

Decadência:

Em todos os ramos do Direito, decadência é a extinção de um direito por não ter sido exercido no prazo legal, perdendo o direito de exerce-lo. Exemplo: O prazo concedido ao homem para contestar a paternidade do filho havido por sua companheira. Caso ele não conteste, dentro do prazo legal, ele perde esse direito (de contestar).

Conclusão:

Desta forma pode-se concluir que a grande diferença entre DECADÊNCIA E PRESCRIÇÃO é que nesta a pessoa perde o direito de entrar com a ação, enquanto naquela qualquer das partes perde um direito que lhe é garantido no transcurso do processo.